ستاد توسعه اقتصاد دانش بنیان آب، انرژی و محیط زیست از مرداد 1389 با نام ستاد توسعه فناوری های آب، خشکسالی، فرسایش و محیط زیست شروع به کار کرده و پس از آن در آبان 1399 تحت عنوان کارگروه تخصصی آب، خشکسالی، فرسایش و محیط زیست به فعالیت خود ادامه داده است.
با توجه به چالش های حوزه آب، اقلیم ستاد توسعه اقتصاد دانش‌بنیان آب، اقلیم و محیط‌زیست به منظور ایجاد یک نهاد فرا بخشی، هماهنگ‌کننده و هم‌افزای ملی جهت ارتقای تعاملات بین دستگاهی با توسعه کارگروه های تخصصی و ایجاد واحدهای مختلف در آذرماه 1402 از کارگروه به ستاد توسعه اقتصاد دانش بنیان تبدیل شد. شایان ذکر است طرح ملی توسعه فناوری‌های اقتصاد چرخشی و زیست‌محیطی به عنوان زیرمجموعه این ستاد در راستای تحقق اسناد بالادستی و ماموریت های معاونت علمی فناوری طی ابلاغ مقام‌عالی معاونت در بهمن‌ماه سال 1401 ایجاد گردید و از جمله کارگروه های تخصصی ستاد تحت عنوان کارگروه تخصصی محیط زیست و اقتصاد چرخشی می باشد. در مهر ماه 1403 و در راستای سیاست ارتقاء ساختار، کوچک سازی و چابک سازی سازمانی با دستور مقام عالی معاونت دو ستاد « انرژی» و «آب، اقلیم و محیط زیست» باهم ادغام شده و به نام ستاد توسعه اقتصاد دانش بنیان آب، انرژی و محیط زیست ارتقاء یافته است. به طورکلی، موضوعات فعالیت ستاد برگرفته از راهبردهای ابلاغی و چالش های جدیدی است که در عرصه های آب، انرژی و محیط زیست در کشور پدیدار شده و راهکارهای دانش بنیان اساسی برای رفع آنها وجود دارد.
